يستخدم دوكسيسيكلين لعلاج أنواع مختلفة من حالات العدوى بما في ذلك:
- عدوى الجهاز التنفسي (الصدر أو الرئة أو الأنف)
- عدوى المسالك البولية
- حب الشباب (البثور)
- عدوى العين
- الأمراض المنقولة جنسيا
- الملاريا عندما يكون الكلوروكين غير فعال
- يمكن استخدامه أيضًا لمنع بعض أنواع العدوى.